Professor Albus Perkamentus (Law) weet dat de machtige duistere tovenaar Gellert Grindelwald (Mikkelsen) van plan is om de controle over de tovenaarswereld in handen te krijgen. In zijn eentje kan hij hem niet tegenhouden, daarom vraagt hij magie-zoöloog Newt Scamander (Redmayne) om een team dappere tovenaars, heksen en één dappere Dreuzel-bakker te leiden tijdens een gevaarlijke missie. Ze gaan de confrontatie aan met oude en nieuwe beesten, en met het groeiende legioen volgers van Grindelwald. Maar kan Perkamentus, nu er zo veel op het spel staat, wel aan de zijlijn blijven toekijken?