De Joe’s zijn terug. Ze worden in de val gelokt om ze te laten opdraaien voor een vreselijke misdaad die ze niet hebben begaan. De G.I. Joe’s gaan opnieuw de confrontatie aan met hun aartsvijand Cobra en krijgen te maken met een gevaarlijke dreiging binnen de overheid. Uiteindelijk zit er nog maar één ding op, wraak nemen. Roadblock (Dwayne Johnson) voert een nieuw team aan (met onder andere Channing Tatum en Bruce Willis) in dit knallende avontuur vol militaire actie!