SpongeBob en zijn Bikinibroek-vrienden kiezen het ruime sop in dit grootse avontuur. In een poging om te bewijzen dat hij een grote jongen is roept hij per ongeluk de angstaanjagende spookpiraat De Vliegende Hollander op. SpongeBob en Patrick worden meegesleurd in een wilde zoektocht door de diepzee. Met kolossale uitdagingen in het vooruitzicht en een reddingsteam dat hen op het spoor is, ontdekt SpongeBob dat ware moed pas tot uiting komt wanneer vrienden samen het onbekende trotseren.