Een kristallen catastrofe barst los in Greenfield en Ash, Pikachu en hun vrienden moeten erachter komen hoe ze de schade aan deze, ooit zo mooie stad, ongedaan kunnen maken. Maar het ondenkbare gebeurt, als de moeder van Ash wordt gekidnapt door de machtige Entei, een Pokémon waarvan men dacht dat hij alleen in legendes bestond. Nu moet Ash in actie komen, onzeker over wat hij zal ontdekken als hij het echte geheim zal ontrafelen over de kracht achter de ongelofelijke wending: een jong meisje, waarvan de droomwereld verandert in een nachtmerrieachtige realiteit door de mysterieuze en niet te stoppen Unown.