Op de Orange Islands in het zuiden van Kanto, is een Trainer genaamd Lawrence op een sinistere missie: de Legendarische Pokémon Articuno, Zapdos en Moltres vangen, in een poging om Lugia, beschermer van de zee, te wekken! Als Ash en zijn vrienden aankomen, vragen de eilanders Ash om drie elementaire bollen van verschillende eilanden te verzamelen. Wanneer het weer in de wereld volkomen onvoorspelbaar wordt, wordt het duidelijk dat de vangst van het Legendarische trio het milieu uit balans heeft gebracht! Kan Ash, met hulp van Lugia, de bollen vinden, alles terug in balans brengen en de ‘uitverkorene’ zijn, waar iedereen zich naartoe wendt?