Na de ontvangst van een aantal dreigbriefjes beginnen de helden van de Bat-familie aan een race tegen de klok om de kwaadaardige Red Hood tegen te houden. Hij is bezig alle schurken van Gotham City bij elkaar te roepen om wraak te nemen op de Dark Knight. Terwijl de oorsprong van Red Hood geleidelijk wordt onthuld, ontstaat een dreiging waardoor Gotham aan de waakzame en gevaarlijke blik van Brother Eye zou kunnen worden onderworpen! Het is nu aan Batman om de toekomst te redden door het verleden onder ogen te zien in LEGO DC Batman: Family Matters!