Le Discours de la méthode est aussi l'occasion pour Descartes de présenter une morale provisoire, tenant en quelques maximes de conduite, et de développer des considérations sur les animaux (théorie des « animaux-machines ») et sur le rôle du cœur dans la circulation du sang. Enfin, le traité présente des déclarations sur le rapport de l'homme à la nature, représentatives de la modernité, puisque Descartes y dit que les hommes doivent se « rendre comme maîtres et possesseurs de la nature », par le progrès des techniques, au premier plan desquelles il recommande d'améliorer la médecine.